Ο Μανώλης Πέπονας γεννήθηκε στην Αθήνα το 1995. Αποφοίτησε από τα τμήματα Ιστορίας-Αρχαιολογίας και Φιλοσοφίας του Πανεπιστημίου Ιωάννινων, συνεχίζοντας έπειτα τις σπουδές του στον Τομέα της Νεώτερης και Σύγχρονης Ιστορίας του ίδιου ιδρύματος. Από το 2019 έως το 2024 εκπόνησε τη διδακτορική του διατριβή στο ΕΚΠΑ με αντικείμενο το Βορειοηπειρωτικό Ζήτημα (1913-1974), όντας υπότροφος του ιδρύματος SYLFF. Αυτή την περίοδο διδάσκει στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, αποτελώντας παράλληλα Junior Associate Fellow του NATO Defence College και Επισκέπτη Ερευνητή του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου. Είναι τακτικός συνεργάτης του περιοδικού Στρατιωτική Ιστορία από το 2013, ενώ το 2024 εξελέγη Associate Fellow της Royal Historical Society.